Dans le courant des années 1970, des Associations de Parents d'Elèves (APE) se sont créées dans de nombreux villages et villes. Les parents se sont regroupés en associations car ils se sentaient concernés par l'éducation scolaire de leurs enfants et souhaitaient ouvrir le dialogue avec les enseignants et les directeurs des écoles.
Rapidement ces APE ont éprouvé le besoin de se fédérer au niveau cantonal. Ainsi, ils représentaient les voix de plusieurs centaines, voire quelques milliers, de parents et devenaient un interlocuteur "de poids" auprès du Département de l'Instruction Publique. Ce dernier édite toutes les ordonnances et lois sur l'école obligatoire ainsi que tous les projets de plans d'études ou de systèmes d'évaluation. C'est dans ce but donc que la FRAPEB a été créée vers la fin des années septante. L'objectif a été amplement atteint puisque, par le biais de la FRAPEB, tous les APE et Conseils de Parents (CP) affiliés sont consultés régulièrement (au même titre que les directions d'école, l'inspecteur scolaire, la Haute Ecole Pédagogique (HEP BEJUNE), le Syndicat des enseignants du Jura bernois (SEJB) et autres).
Ces APE ont été très actives localement jusqu'au milieu des années nonante, organisant des conférences, participant aux Commissions routières pour améliorer la sécurité des enfants sur le chemin de l'école, mettant enplace des "Devoirs surveillés" et préparant les structures d'un lien plus proche entre parents et enseignants, les "Conseils de parents".
Suite à ces acquis, il y a eu un désintérêt pour les APE dont plusieurs ont été dissoutes par manque de nouveaux membres (Tramelan, Tavannes), certaines sont en sursis depuis plusieurs années (Moutier). Par contre, les CP ont souhaité se joindre à la FRAPEB qui, au début des années 2000, a modifié ses statuts afin de pouvoir accueillir ces nouveaux partenaires.
A ce jour, plusieurs Conseils de Parents ont rejoint la Fédération.
